Personenprofil
Kurzprofil
Peter F. Stadler, geboren 1965, ist seit 2002 Professor für Bioinformatik an der Universität Leipzig. Er promovierte 1990 an der Universität Wien in Chemie . Nach einer Anstellung als Postdoc bei Prof. Manfred Eigen in der Abteilung für biochemische Kinetik am Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie in Göttingen ging er 1991 zurück nach Wien und habilitierte sich 1994 in Theoretischer Chemie. Seit 1994 ist er auch externes Mitglied des Santa Fe Instituts in New Mexico. Seit 2009 arbeitet er auch als wissenschaftliches Mitglied am Max-Planck-Institut für Mathematik in den Naturwissenschaften, Leipzig (Deutschland). Peter F. Stadler ist seit 2010 korrespondierendes Mitglied der österreichischen Akademie der Wissenschaften und seit 2018 Profesor Honoria an der Facultad de Ciencias in Bogota. Seit 2023 ist er Direktor des Inderdisziplinären Zentrums für Bioinformatik (IZBI) an der Universität Leipzig.
Berufliche Laufbahn
- 01/1990 - 01/1991
Postdoc in der Abteilung für Biochemische Kinetik, Max Planck, Institut für Biophysikalische Chemie, Göttingen, Deutschland - 01/1991 - 01/1994
Universitätsassistent am Institut für theoretische Chemie und Strahlenchemie, Universität Wien, Österreich - 01/1997 - 01/2002
Außerordentlicher Universitätsprofessor, Universität Wien, Österreich - seit 01/2002
Professor für Bioinformatik an der Universität Leipzig, Deutschland
Ausbildung
- 01/1984 - 01/1990
Studium an der Universität Wien:Grundstudium (1. Diplom) in Chemie 1986, Astronomie 1988, Physik 1989, Mathematik 1990, MSc in Chemie 1988 - 01/1988 - 01/1990
Dissertation am Institut für theoretische Chemie, Universität Wien, Österreich (Doktor in Chemie)
Mein Forschungsinteresse ist die Suche nach einem konsistenten Verständnis biologischer Prozesse (mit einem Schwerpunkt auf (molekularer) Evolution), auf genotypischer, phänotypischer und dynamischer Ebene. Die angewendeten Techniken reichen von der Analyse dynamischer Systeme, wie sie in der chemischen Kinetik und Populationsgenetik vorkommen, über groß angelegte Simulationen der RNA-Evolution und die Analyse viraler Sequenzdaten bis hin zu wissensbasierten Proteinpotenzialen und algebraischer Kombinatorik, die bei der Untersuchung von Fitnesslandschaften angewandt wird. Die wichtigsten Errungenschaften auf dem Gebiet der Bioinformatik umfassen mehrere Aspekte der RNA-Bioinformatik, von der Entwicklung von Faltungsalgorithmen bis zum Entwurf effizienter RNA-Genefinder. Große vergleichende Genomikstudien in diesen Bereichen haben zum Beispiel zur Charakterisierung mehrerer ncRNA-Familien geführt.
Meine Gruppe stellt eine Vielzahl von Software-Tools für die Forschungsgemeinschaft zur Verfügung. Vor allem sind wir Mitentwickler des Vienna RNA Package.
Weitere Tools sind FRANz, ein Paket zur Rekonstruktion von Stammbäumen, Programme für (zirkuläre) Alignments wie code2aln und aln3nn. Außerdem stellen wir die tRNAdb, eine modernisierte Version der klassischen tRNA-Sequenzdatenbank von Sprinzl, zur Verfügung. Die Gruppe ist bestrebt, neu entwickelte Werkzeuge als Open-Source-Software der wissenschaftlichen Gemeinschaft zur Verfügung zu stellen.
- Details ansehenTraining Alliance for Computational Systems chemistryStadler, Peter FlorianLaufzeit: 03.2023 – 02.2027Mittelgeber: EU Europäische UnionBeteiligte Organisationseinheiten der UL: Bioinformatik
- Details ansehenAlgorithmen zur Rekonstruktion von Ko-Phylogenien: Mehrwertige AssoziationenMiddendorf, MartinLaufzeit: 03.2023 – 02.2026Mittelgeber: DFG Deutsche ForschungsgemeinschaftBeteiligte Organisationseinheiten der UL: Fakultät für Mathematik und Informatik
- Details ansehentRNA Pools und translationale Kontrolle bei der Melanomentwicklung und BehandlungMörl, MarioLaufzeit: 01.2023 – 01.2026Mittelgeber: Stiftungen InlandBeteiligte Organisationseinheiten der UL: Biochemie/Molekularbiologie; Bioinformatik; Klinik und Poliklinik für Dermatologie, Venerologie und Allergologie
- Details ansehenSyntenie-basierte Identifikation von Innovationen in InsektengenomenStadler, Peter FlorianLaufzeit: 10.2022 – 09.2025Mittelgeber: DFG Deutsche ForschungsgemeinschaftBeteiligte Organisationseinheiten der UL: Bioinformatik
- Details ansehenVirtuelles Wirkstoff-Screening und Synthese-ZugänglichkeitStadler, Peter FlorianLaufzeit: 10.2022 – 09.2025Mittelgeber: DFG Deutsche ForschungsgemeinschaftBeteiligte Organisationseinheiten der UL: Bioinformatik; Medizinische Fakultät und Universitätsklinikum AöR
- Details ansehenBonidia, R. P.; Avila Santos, A. P.; de Almeida, B. L. S.; Stadler, P. F.; da Rocha, U. N.; Sanches, D. S.; de Carvalho, A. C. P. L. F.Information Theory for Biological Sequence Classification: A Novel Feature Extraction Technique Based on Tsallis EntropyEntropy. 2022. 24 (10).DOI: 10.3390/e24101398
- Details ansehenMüller, S. P.; Flamm, C.; Stadler, P. F.What makes a reaction network "chemical"?Journal of cheminformatics. 2022.
- Details ansehenYao, H.-T.; Lorenz, R.; Hofacker, I. L.; Stadler, P. F.Mono-valent salt corrections for RNA secondary structures in the ViennaRNA packageAlgorithms for molecular biology. 2023. 18 (1).
- Details ansehenWaldl, M.; Spicher, T.; Beckmann, I. K.; von Löhneysen, S.; Stadler, P. F.; Hofacker, I. L.; Lorenz, R.Local RNA folding revisitedJournal of bioinformatics and computational biology. 2023. 21 (04).
- Details ansehenAvila Santos, A. P.; Muhammad, K. N.; Kasmanas, J.; Bartholomäus, A.; Keller-Costa, T.; Jurburg, S.; Tal, T.; Camarinha-Silva, A.; Saraiva , J. P.; Ponce de Leon Ferreira de Carvalho, A. C.; Stadler, P. F.; Sipoli Sanches, D.; Rocha, U.The AnimalAssociatedMetagenomeDB reveals a bias towards livestock and developed countries and blind spots in functional-potential studies of animal-associated microbiomesAnimal Microbiome. 2023. 5 (1).
Die Lehrangebote von Prof. Stadler und seiner Forschungsgruppe tragen zu einem großen Teile zum forschungsorientierte konsekutive Masterstudiengang Bioinformatik bei. Dieser baut auf einem Bachelorstudiengang (bevorzugt Informatik oder Biologie) auf vermittelt eine wissenschaftlich fundierte Ausbildung in mehreren Forschungsbereichen an der Schnittstelle zwischen
Informatik und Biologie. Ziel ist der Erwerb eines in ausgewählten Teilbereichen der Informatik, Biologie, Mathematik und Naturwissenschaften vertieften fachlichen Wissens verbunden mit der Fähigkeit zur eigenständigen grundlagen- oder anwendungsorientierten Forschung.
Darüber hinaus hält und organisiert seit vielen Semestern die Gruppe von Prof. Stadler die Lehre in den Modulen Algorithmen und Datenstrukturen 1&2, aus Informatik Bachelorstudiengang.