2001 wurde sie mit dem Ackerknecht-Preis der Fakultät für hervorragende Lehre und 2015 mit dem Felix Wankel-Tierschutzpreis ausgezeichnet. Sie warb eine Vielzahl an Forschungsprojekten in ihrer Laufbahn ein und leistete maßgebliche Beiträge zur Entwicklung der Zier‐, Zoo‐ und Wildvogelmedizin sowie zur art‐ und tierschutzgerechten Haltung und Zucht von Nutzgeflügel. Im Auftrag des Bundeslandwirtschaftsministeriums initiierte Prof. Krautwald-Junghanns im Jahr 2016 die "Exopet"-Studie zur Verbesserung der Haltungsbedingungen exotischer Tiere. „Ein wichtiges Anliegen war ihr die Vermittlung wissenschaftlicher Erkenntnisse gleichermaßen in der Öffentlichkeit wie auch bei der Politikberatung. Aufgrund ihrer wissenschaftlichen Expertise und Persönlichkeit wurde sie 2011 in die Nationale Akademie der Wissenschaften Leopoldina aufgenommen. Sie trug auch damit maßgeblich zur Reputation und Sichtbarkeit unserer Fakultät und der Universität Leipzig bei“, betonte Vahlenkamp.
Die Universität Leipzig hat für Prof. Dr. Krautwald-Junghanns ein digitales Kondolenzbuch eingerichtet.